USBメモリ内に、「USBメモリ感染型ウイルス」が入っている可能性があります。
ウイルス対策ソフトの指示に従い、ウイルスを削除してください。ウイルス対策ソフトの操作方法が分からない場合は、ウイルス対策ソフトのベンダにお問合せください。
今後の対策として、パソコンの“自動実行機能”を無効にすることをお勧めします。
【参考】Windowsでの「自動実行」機能の無効化手順

Windowsには、「自動実行機能」という機能があり、USBメモリや外付けハードディスクをパソコンのUSB端子に接続したり、DVD、CD、FDなどの媒体をそれぞれの装置に挿入すると、その媒体内にある特定のプログラムを自動的に起動します。
この機能を悪用して感染するウイルスを「USBメモリ感染型ウイルス」と呼びます。
例えば、USBメモリ感染型ウイルスに感染しているパソコンにUSBメモリを挿すと、ウイルスは、USBメモリに自分自身をコピーするとともに、USBメモリ内のautorun.inf という環境設定ファイルに、USBメモリ内のウイルスを起動する情報を書込みます。
そのUSBメモリを別のパソコンに挿すと、USBメモリ内のウイルスが起動し、パソコンのハードディスクにウイルスを感染させます。
以上の繰り返しにより、ウイルスの感染が拡大していきます。
USBメモリ以外でも、デジタルカメラやデジタル音楽プレーヤ、デジタル録音機、携帯ゲーム機、携帯電話機などにおいて、USB端子に直接接続したり、フラッシュメモリを介してパソコンとの間でデータのコピーをすると、USBメモリ感染型ウイルスに感染する場合があります。

(1) USBメモリ感染型ウイルスは、Windowsの自動実行機能を悪用するので、自動実行機能を無効にすることで感染を防ぐことができます。
【参考】Windowsでの「自動実行」機能の無効化手順
(2) 自動実行機能を無効にしていても、自分でウイルスファイルを開いてしまえば感染してしまうので、ウイルス対策ソフトを導入するのは必須です。
(3) 他人のUSBメモリを自分のパソコンに挿させないとか、自分のUSBメモリを他人が管理しているパソコン、例えば、ネットカフェのパソコンなどに挿さないということも重要です。

最近のコンピュータウイルスは、複数の感染機能をもつものがあり、USBメモリ感染型ウイルスの多くは、ネットワーク感染機能も持っています。
例えば、会社内や家庭内で複数のパソコンをLANに接続して使用している場合、1台のパソコンにUSBメモリを挿したことで、LANに接続しているほとんどのパソコンにウイルスが感染したという被害も報告されています。
特に、インターネットに接続していない、いわゆるクローズドLANにおいては、セキュリティアップデートを行っていないとか、ウイルス対策ソフトを使用していないとか、ウイルス定義情報が更新されていないことが多く、ネットワーク感染機能でウイルスがまん延するという被害になりやすくなっています。

USBメモリ感染型ウイルスの多くは、感染機能とダウンロード機能を持っており、感染したパソコンに、インターネット上のサーバからマルウェアをダウンロードしてきます。
どのようなマルウェアがダウンロードされるかは攻撃者が決めますので、何が起きるかは判りません。

USBメモリ内にウイルスが入っていたとしても、フォーマットしてしまえば全て消えます。但し、その際にパソコン側が既にウイルス感染している場合は、フォーマット直後にすぐにウイルスがUSBメモリ内に感染してしまいます。

パソコンが感染していなかったとしても、感染USBメモリを挿入した時点で、パソコン側が新たに感染してしまいます。

それを防ぐためには、まずはパソコン側にウイルスが感染していないことを確認することが第一です。その上で、Shiftキーを押しながらUSBメモリを挿入してください。

こうすることで、USBメモリ内にウイルスがあった場合でも、パソコン側への感染を防止することが出来ます。それから、フォーマット作業を行ってください。