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2005年度上期 未踏ソフトウェア創造事業  採択案件概要


 



1.担当PM

   千葉 滋 (東京工業大学大学院 情報理工学研究科 助教授)



2.採択者氏名


開発代表者

片山 俊明 (東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター ゲノムデータベース分野 助手)

共同開発者

中尾 光輝 (独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター 産総研特別研究員)
後藤 直久 (大阪大学 微生物病研究所 遺伝情報実験センター 特任研究員)
田中 伸也 (京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 研究員)


3.プロジェクト管理組織


  日本エンジェルズ・インベストメント株式会社



4.採択金額


  10,000,000



5.テーマ名


  Ruby言語による生物化学情報基盤ライブラリの開発



6.関連Webサイト


  http://bioruby.org/



7.申請テーマ概要

  本提案では Ruby 言語を用いた生物情報学(バイオインフォマティクス)用のライブラリ BioRuby の開発と高品質化を行なうこととし、先行する海外の既存ライブラリが中心課題としてきたゲノムの配列解析だけでなく、遺伝子発現やバスウェイ解析といったポストゲノム時代に求められる新しいタイプ のデータ解析に必要な機能の実装を進める。また、ゲノム情報を生かした薬の開発などに おいて今後重要となる、化学情報学(ケモインフォマティクス)分野との連携を中心に開発を進め、国際的に利用される生物化学情報分野の基盤ライブラリを作成する。
  提案者らは、すでに4年間にわたって BioRuby の開発を進めてきた。基本的な機能はすでに実装 済みであり認知度は向上しているものの、ドキュメントの整備不足や開発にあたる人的資 源の不足から十分に普及しているとはいえない。そのため、本提案ではまず英文と和文のドキュメントの整備、信頼性向上のためのユニットテストの採用を行ない、開発費を元に さらなる機能拡張を行なう。さらに、本提案のなかでも、国際的にみて新規性の高い試みであるケモインフォマティクスとの連携では、最近開発を始めた ChemRuby プロ ジェクトを進展させるとともに、両者の連携によって生物化学情報学へと対象領域の拡充 を行なう。得られた成果について国際会議等での発表を行なうとともに、オープンソース ソフトウェアとして安定バージョン 1.0 をリリースすることを目指す。



8.採択理由

  本提案で開発しようとするソフトウェアは、バイオインフォマティクス研究に携わる研究者が日常的なデータ解析をおこなうプログラムを書くための Ruby言語のライブラリである。このライブラリ BioRuby は既に公開されており、国内外で一定の普及を見ている。しかしながら、これまでボランティアベースで開発されているため、一般研究者への普及に必要な詳細なチュートリアル、マニュアルの整備が遅れている。BioRuby 自体は優れたソフトウェアであるが、BioRuby のようなライブラリの場合、ドキュメント類が十分でなければ、広く一般への普及はまったく望めない。実際、このままでは、折角のソフトウェア資産が埋もれてしまいかねない。BioRuby のような優れたソフトウェアの開発を本事業で採択し、とくにドキュメント類の整備を支援し、国際的な普及にはずみをつけることは我が国のソフトウェア産業振興の観点からも、またバイオインフォマティクス研究における我が国の国際的プレゼンスを保つ観点からも、有意義である。本提案には、BioRuby のさらなる拡張だけでなく、ドキュメント類の整備にも力を注ぐとある。これまでの実績から、ドキュメント類が整備されれば、広く普及する可能性を秘めていると考え、採択とする。


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